La trama del juego está ubicada en la era de la antigua república, trescientos años más tarde a los hechos acontecidos en Caballeros de la Antigua República y 3600 años antes de los acontecimientos de las películas, esto de acuerdo con la cronología oficial de Star Wars. La historia en sí consiste en la aparición de un nuevo imperio Sith el cual empieza un proceso de conquista del planeta gobernado por los Jedi, la tierra de las galaxias (planeta parecido a la tierra ) donde La Paz y el orden de la República reina por toda la galaxia hasta el punto de atacar la capital de la República, obligando a esta a firmar un tratado el cual se conocería como el Tratado de Coruscant. Después de la firma de dicho tratado, comienza un periodo de relativa paz, sin embargo, ambos bandos permanecen vigilando las acciones del otro con la posibilidad de que la guerra vuelva a empezar.