Ambientado en el siglo XXVI en el lejano Sector Koprulu, el juego gira en torno a tres especies: los Terran, humanos exiliados de la Tierra; los Zerg, una especie de formas de vida que asimilan otras organizada en enjambres; y los Protoss, una raza tecnológicamente avanzada con poderes psiónicos. Wings of Liberty se centra en los Terran, la expansión Heart of the Swarm en los Zerg y Legacy of the Void se centrará en los Protoss. El juego se desarrolla cuatro años después de los acontecimientos de StarCraft: Brood War, y sigue las hazañas de Jim Raynor y su grupo insurgente contra el autócrata del Dominio Terran liderado por el Emperador Arcturus Mengsk.